Αεροπορικώς μέχρι το Άκτιο και από εκεί 20 λεπτά οδικώς μέχρι τη Λευκάδα. Από το Νυδρί της Λευκάδας μπορείτε να επιβιβαστείτε σε ferry boat για το Mεγανήσι, το οποίο απέχει μόλις 4 ναυτικά μίλια από το Νυδρί, της Λευκάδας, όπου ανά τακτικά χρονικά διαστήματα αναχωρεί ferry boat με προορισμό το νησί μας. Η διαδρομή, που διαρκεί 25 λεπτά, είναι μαγευτική αφού ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να θαυμάσει πολλά μικρά νησάκια, που είναι διάσπαρτα γύρω από το Μεγανήσι και ανάμεσά τους την Μαδουρή με το παλαιό αρχοντικό του Βαλαωρίτη και τον Σκορπιό, ιδιοκτησίας του Ρώσου Μεγιστάνα Ντμίτρι Ριμπολόβλεφ, που πέρασε στα χέρια του από την οικογένεια Ωνάση.

Οδικώς από οποιοδήποτε μέρος της Ελλάδος μέχρι την πόλη της Λευκάδας ή το Νυδρί Λευκάδας και στη συνέχεια τη χρήση του ταχύπλοου ή του ferry boat, όπως αναφέρθηκε πιο πάνω.
Από την Κεφαλλονιά και την Ιθάκη με ferry boat μέχρι τη Λευκάδα (λιμάνι Βασιλικής ή λιμάνι Νυδριού).

Με το δικό σας σκάφος, χρησιμοποιώντας ένα από τα τρία λιμάνια του νησιού (Σπήλια, Αθερινός, Βαθύ).
Μπορεί στο νησί να μην υπάρχει (τουλάχιστον όχι ακόμα) ελικοδρόμιο, αλλά σε περίπτωση ανάγκης υπάρχει η δυνατότητα χρήσης – παραχώρησης χώρου.

Το νησί διαθέτει καλό οδικό δίκτυο για όσους θέλουν να πάρουν μαζί τους το αυτοκίνητο.
Στον Δήμο Μεγανησίου υπάρχει τακτική τοπική συγκοινωνία που σας παρέχει τη δυνατότητα μεταφοράς και στους τρεις οικισμούς του νησιού. Κατά τους θερινούς μήνες γίνονται και επιπλέον δρομολόγια για την διευκόλυνσή σας. Για όσους πάλι ενδιαφέρονται, υπάρχει και η δυνατότητα χρήσης TAXI.

Υπάρχουν δύο ΑΤΜ των τραπεζών Πειραιώς και Alpha Bank στον οικισμό Βαθέος, και ένα ΑΤΜ της Euronet στο λιμάνι Σπήλια, κοντά στον οικισμό Σπαρτοχωρίου.